Horní Dunajovice vznikly sloučením dvou obcí - Horních Dunajovic (první písemná zpráva z roku 1350) a Domčic (první písemná zpráva z roku 1447). Tyto obce po celá léta stály vedle sebe, postupem času zcela stavebně srostly. To v šedesátých letech 20. století vedlo, spolu s přečíslováním domů v obou obcích, k jejich faktickému spojení v obec jednu a společnému názvu - "Horní Dunajovice".

Jméno Dunajovice se pravděpodobně odvozuje podle názvu místa původních obyvatel. Lidé od Dunaje.