Pustiměřské Prusy je vesnice ležící 6 kilometrů východně od Vyškova na silnici z Vyškova do Prostějova v nadmořské výšce 275 m n. m. S Pustiměří jsou Pustiměřské Prusy spojeny od roku 1942. Původně se nacházely v samostatném katastrálním území, které bylo roku 1983 začleněno do katastru Pustiměře.